Program Sarjana Terapan Fakultas Bisnis dan Ekonomika merupakan Upgrade jenjang dari Program Diploma Tiga Fakultas Bisnis dan Ekonomika Universitas Islam Indonesia (Program Diploma Tiga FBE UII). Program Diploma Tiga FBE UII didirikan pada tanggal 25 April 1994 dan menjadi program diploma pertama di lingkungan UII. Sebelum Program Sarjana Terapan FBE UII berdiri, Fakultas Bisnis dan Ekonomika telah memiliki 3 (tiga) Program Studi Diploma (Prodi), yaitu: Prodi Akuntansi, Prodi Manajemen, dan Prodi Perbankan dan Keuangan.

Pada tanggal 7 Juli 1994, ketiga program studi diploma tersebut mendapatkan status TERDAFTAR berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 175/DIKTI/Kep/1994. Seiring dengan waktu, Program Diploma Tiga FBE UII terus mengalami perkembangan yang cukup berarti, hal ini dapat dilihat dari perkembangan jumlah calon mahasiswa yang mendaftar, mahasiswa yang diterima, dan lulusan yang diakui oleh dunia industry sebagai pemakai lulusan (user). Indikator lain atas bukti perkembangan dan keberhasilan program tersebut adalah diperolehnya status DISAMAKAN untuk ketiga program studi pada tanggal 10 Agustus 2000 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Depdiknas RI No. 273/DIKTI/Kep/2000. Pada tahun 2005, Program Diploma Tiga FBE UII telah mendapat akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Tinggi (BAN-PT) dengan nilai B untuk semua program studi. Sebelum beralih menjadi program sarjana terapan, Prodi Akuntansi Diploma Tiga dan Prodi Manajemen Diploma Tiga berhasil mendapat akreditasi Unggul. Sedangkan Prodi Perbankan dan Keuangan Diploma Tiga telah berhasil mendapat akreditasi A.

Pada bulan Mei 2022, Program Diploma Tiga FBE UII berhasil melakukan upgrade ke jenjang Diploma Empat atau Sarjana Terapan.  Prodi Akuntansi Program Diploma Tiga FBE UII berubah menjadi Prodi Akuntansi Perpajakan Program Sarjana Terapan dengan SK Nomor 135/D/OT/2022. Prodi Manajemen Program Diploma Tiga FBE UII berubah menjadi Prodi Bisnis Digital Program Sarjana Terapan, dan Prodi Perbankan dan Keuangan Program Diploma Tiga FBE UII berubah menjadi Prodi Analisis Keuangan Program Sarjana Terapan dengan SK Nomor 137/D/OT/2022.